在最早一批全面分析人类两个最近亲属（即丹尼索瓦人和尼安德特人）Y染色体的一项研究中，研究人员的报告与先前研究所提出的观点一致，即古老人类与现代人类间的早期基因流动事件导致了古尼安德特人的Y染色体最终被渗入的智人Y染色体替换。丹尼索瓦人的Y染色体则未被智人的Y染色体置换。Mikkel Heide Schierup在相关的《视角》中写道：“在[这一]新研究之前…考古学家仅有为数有限的2个尼安德特人的Y染色体数据，但有关这两种人相遇早期所发生的Y染色体交换的信息则阙如。”越来越多的关于尼安德特人、丹尼索瓦人和智人的古DNA研究提示，它们有着互相交缠的演进和种群历史，其中包括早期现代人和古人类之间发生的几次人种混合事件。然而，来自古时样本的细胞核DNA和线粒体DNA序列（mtDNA）揭示了这3组人中很难进行解释的系统发育差异。例如，常染色体基因组显示，尼安德特人和丹尼索瓦人是在距今55万多年前与现代人分开的姊妹人群。然而，除最早的尼安德特人mtDNA样本外，其它所有样本的mtDNA与现代人样本的相似性都远远大于与丹尼索瓦人的相似性。这些研究提示，尼安德特人原先携带的是一种丹尼索瓦人样的mtDNA，但后来通过与早期现代人杂交而被完全取代，时间可能在35万年至15万年前之间。虽然遗传自父系的Y染色体的基因组数据会有助于解决令人困惑的基因流动，但迄今为止，在研究过的男性尼安德特人和丹尼索瓦人遗骸中几乎没有保存完好的Y染色体DNA。为了弥合数据中的这一缺口，Martin Petr和同事用了一种基于靶向捕获的DNA测序方法，旨在从保存不佳的3个尼安德特人男性和2个丹尼索瓦人男性的遗骸中富集和提取Y染色体序列。Petr等人发现，像遗传自母系的mtDNA一样，现代人和尼安德特人的Y染色体彼此之间的关系要近于和丹尼索瓦人的关系；这一发现支持这样的观点，即早期现代人与尼安德特人的种间杂交以及随后的选择导致了后期尼安德特人体内的更为古老的丹尼索瓦人样的基因物质被完全替换。
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