多数の麻疹ゲノムについての新しい研究によると、麻疹ウイルスはおよそ紀元前6世紀 ―― 現在の推測より約1,400年早い ―― に、家畜が感染させる近縁ウイルスから分岐したという。この結果は麻疹ウイルスの進化史に新たな説明を加えるもので、この病原体はこれまでの推測よりもかなり早い時期に出現したこと、その時期はユーラシア大陸と南および東アジア全域で大規模な都市が登場した時期と同じであることが示された。麻疹ウイルスは人類最古の微生物敵のひとつだとして、保健機関と科学者らは麻疹ウイルスを主要標的に一般的なヒト病原体の進化経路の解明に努めてきた。研究者らは、麻疹ウイルスが出現したのは今は根絶された牛疫ウイルスの家畜から人へのスピルオーバーが起きた時だと推測している。一般的に麻疹の出現は紀元9世紀末頃と考えられているが、疑念は残っている。麻疹の起源をより正確に突き止めるべく、Ariane Düxらは1912年の麻疹症例から採取した肺の試料を用いて麻疹ウイルスゲノムを再構築した。次に、配列データを1960年の麻疹ゲノム、127の現代の麻疹ゲノム、牛疫ウイルスおよびPPRV（小反芻獣疫ウイルス）と呼ばれる別の家畜ウイルスのゲノムと比較した。さらに一連の進化の分子時計モデルを使って、紀元前1,174年から紀元165年、推定平均紀元前528年の人間での麻疹の出現を追跡した。それらの結果は数千年間牛ウイルスの祖先が家畜間で循環し、その後、人へと感染して定着し、紀元前第1千年紀末に拡大し始めたという経過を裏付けていると、Düxらは考えている。関係するPerspectiveではSimon HoとSebastián Duchêneがこの研究結果をより詳しく説明している。
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