Rachel Carmody和同事在一篇《视角》中指出，如果不仔细考虑微生物的演化而将当今生活在工业化时代的人的肠道菌群“重新野化”以改善健康的做法会有风险。人体肠道菌群已与人类共同演化了数百万年。然而，越来越多的证据显示，人类向工业化生活方式的转变已导致人体微生物组发生快速且损及健康的变化。有人提出，通过干预措施将肠道菌群的各个方面回复到其工业化前的始祖状态可扭转这种状况；这些措施有：重新置入失去的肠道分类菌群，设计能发挥已严重损耗功能的肠道菌，或移植生活在非工业化社会捐赠者的肠道完整菌群。然而，Carmody等人认为，微生物群的改变虽然可能会促成疾病，但这并不一定意味着在将微生物群回复到工业化之前或始祖状态后就会改善健康；即使宿主—微生物群相互作用存在问题，但它可能反映的是我们对快速改变的工业化社会所做的重要的适应性反应。作者在此就将工业化后的微生物组回复至原有状态为何无效且会滋生问题进行了讨论；他们提出，需要加深理解促健康肠道菌群的定义，因为它们应与生活在工业化社会的人的现代生活方式和环境匹配。Carmody等人写道：“为了最有效地操控肠道微生物群以造福健康，人们所面临的挑战是梳理有哪些健康方面会因为微生物群与宿主、环境的更密切的匹配（或退而求其次，与两者都不违和）而得以改善。很明显，修复肠道菌群需要的是精细操作，而不是采用大刀阔斧的推进方法。”
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