一项研究发现了人类向着菲律宾群岛的连续波次的迁徙。菲律宾群岛位于人类迁徙的一个十字路口，然而这个群岛的人口与定居的历史尚未得到充分理解。Maximilian Larena、Mattias Jakobsson及其同事收集了代表115个菲律宾原住民人群的1028人的大约230万个基因型，以及来自台湾海峡的Liangdao岛的大约8000年前的两个人的古基因组序列。这些结果提示，菲律宾的人类殖民至少分为了5个波次，始于与澳大利亚和巴布亚人群有远亲关系的尼格利陀人，之后是马诺博人、萨马人、巴布亚人以及山地人群。这个山地人群至少在8000年前就与台湾的原住民群体分离，这早于大约2500年前稻田农业的到来，并且与此前的一个理论相抵触，那个理论认为语言、文化和农业是一起从台湾到达菲律宾的。这组作者还发现不到1%的个体表现出了来自欧亚大陆西部的遗传特征，这提示了西班牙殖民对菲律宾的遗传特征的影响有限。这组作者说，这些结果表明了菲律宾的一个多层的遗传历史，菲律宾充当了改变亚太地区遗传图景的迁徙的一个出入口。
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