image: On the left, a cell layer not damaged by the viruses. On the right, a cell layer with a visible cytopathic effect (CPE); the cells infected by the virus have been destroyed. view more
Credit: Institut Pasteur/CNR for Respiratory Viruses at the Institut Pasteur
En parallèle du séquençage complet du génome du coronavirus 2019-nCoV, lInstitut Pasteur a poursuivi son travail sur les échantillons prélevés sur les premiers cas confirmés. La qualité du prélèvement initial a permis lisolement rapide du nouveau virus en culture cellulaire. Désormais, les chercheurs de lInstitut Pasteur disposent du virus à lorigine de cette infection. Cet isolement viral ouvre la voie à de nouvelles approches diagnostique, thérapeutique et prophylactique.
Alors que le séquençage complet du génome viral du coronavirus 2019-nCoV vient dêtre réalisé à lInstitut Pasteur, sur des échantillons prélevés sur les premiers cas français confirmés, lisolement des souches du coronavirus 2019-nCoV détecté en France vient dêtre finalisé avec succès et dans un délai très court.
Rappelons que le coronavirus 2019-nCoV, responsable des pneumonies survenues en Chine (voir la fiche maladie de lInstitut Pasteur « Coronavirus de Wuhan »), diffère de deux autres virus bien connus pour être responsables dépidémies respiratoires récentes : les virus SARS-CoV, responsable de lépidémie de SRAS en 2003, et MERS-CoV, responsable dune épidémie évoluant depuis 2012 au Moyen-Orient.
Ces épidémies, sur lesquelles lInstitut Pasteur était déjà mobilisé, ont été riches denseignements. « Pour le SARS-CoV comme pour le MERS-CoV, des cellules appelées Vero E6 ont été identifiées pour cultiver ces deux coronavirus, souligne Sylvie van der Werf, responsable du CNR des virus des infections respiratoires à lInstitut Pasteur. Courant janvier 2020, nous les avons ressorties de notre collection, que nous conservons précieusement, afin dêtre prêts dès que nous détecterions un échantillon positif pour le coronavirus 2019-nCoV. »
Une culture de virus extrêmement rapide
Ainsi préparé, lInstitut Pasteur a pu, dès le vendredi 24 janvier 2020, soit le jour même de la confirmation des cas, mettre en culture sur ces cellules (Vero E6) les prélèvements trouvés positifs pour ce virus. « A laide des méthodes de détection, nous avions repéré une charge virale importante dans les échantillons prélevés chez les patients hospitalisés à Paris, ce qui nous a permis didentifier ceux à mettre en culture en priorité », raconte Sylvie Behillil, responsable adjointe du CNR à lInstitut Pasteur.
La culture des virus sest poursuivie durant le week-end (25-26 janvier 2020). Lundi 27 janvier matin, la culture avait fonctionné ! « On ne pensait pas que ça pousserait si vite », reprend Sylvie Behillil. Une telle rapidité peut sexpliquer par « la charge virale importante dans les prélèvements », mais aussi par la qualité des prélèvements, complète Vincent Enouf, responsable adjoint du CNR à lInstitut Pasteur.
« On voit que les cellules sabîment et se regroupent, ce qui peut être le signe quelles ont été infectées. Or, on nobserve pas cet effet cytopathogène pour tous les prélèvements inoculés ; ceci nous a confortés dans le fait que nous avions pu isoler les souches, ce qui a été confirmé par des analyses complémentaires. »
Le virus 2019-nCoV désormais disponible pour la recherche
Les chercheurs de lInstitut Pasteur disposent maintenant du coronavirus 2019-nCoV, une étape essentielle pour améliorer les connaissances scientifiques.
Quatre grands domaines de recherche vont ainsi pouvoir être explorés.
La sérologie. Permettre des analyses de réactions antigènes/anticorps, sur la base des anticorps de patients présents dans le sérum sanguin, et mettre au point un test sérologique adapté pour le dépistage de linfection en population. NB : Il ne sagit pas dun test de diagnostic rapide à lhôpital, mais dun test pour identifier les séroconversions dans la population. Le développement de traitements spécifiques. Tester les molécules antivirales connues, qui agissent sur le cycle de réplication de certains virus pour évaluer leur potentiel thérapeutique voire prophylactique, ainsi que rechercher des anticorps pouvant avoir une application thérapeutique. La vaccination. Développer à partir de ce virus des approches vaccinales, déjà explorées auparavant avec dautres virus : Ebola, MERS-CoV et SARS-CoV, avec pour objectif de proposer un candidat vaccin. La pathogenèse virale. Comprendre le fonctionnement du virus, sa réplication et ses interactions avec la cellule et lorganisme hôte, de façon à mieux cerner son caractère pathogène et à identifier des biomarqueurs de linfection ou encore de nouvelles cibles pour la mise au point de traitements.
Le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires, à lInstitut Pasteur (Paris), fait partie des laboratoires référents de lOMS pour le coronavirus 2019-nCoV.
Au total, huit personnes du CNR et deux de la plateforme de séquençage P2M ont été mobilisées cette semaine, et continuent à lêtre pour surveiller lépidémie en France.
Suite à lannonce des premiers cas et à la déclaration de lépidémie par les autorités Chinoises, lInstitut Pasteur a mis en place un groupe daction et de recherche (Task Force) sur le nouveau coronavirus
Le coronavirus 2019-nCoV a été isolé, ce qui est capital pour les recherches, qui ont déjà démarré. En effet, lInstitut Pasteur a rapidement mis en place un groupe daction et de recherche (ou Task Force), afin de mobiliser ses experts dans lobjectif de mettre au point le plus rapidement possible des outils de diagnostic, de prévention et de traitement pour lutter contre le nouveau coronavirus.
Cette Task Force réunit plusieurs des équipes de lInstitut Pasteur et concentre ses recherches suivant différentes orientations scientifiques :
La connaissance du virus et de sa pathogenèse ; Le développement de nouveaux outils diagnostiques et la recherche danticorps pouvant avoir une application thérapeutique ; Le développement de vaccins ; Lépidémiologie et la modélisation pour mettre en place des stratégies de contrôle de lépidémie
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